На питання ZN.UA про переслідування громадських організацій у Росії Панфілова відповіла: "Це пов'язано з тим, що російська влада вперше у своєму житті побачила сто тисяч людей на Болотній площі. Вони бачили стільки людей в 1991-му, але тоді вони не були при владі. У багатьох же людей у владній верхівці Росії відсутня віра у свободу волі людини. Вони не можуть собі уявити, що ці люди прийшли туди самі, їм ніхто не платив, і ніхто їх не організовував ".
"Хто міг їх організувати? Політичної опозиції у нас немає. Мас-медіа у нас – так собі, ні те, ні се. Хто залишається? Некомерційні організації! Відповідно, кого потрібно звинувачувати у всіх цих жахливих і, насправді, дуже неспокійних для влади місяцях – з грудня 2011-го до травня 2012-го? Звичайно, громадські організації! ", – додала вона, вказавши, що «"під роздачу" зараз потрапили і громадські "мозкові центри", і академічні інститути, і соціологічні компанії».
На її переконання, російська влада вирішила, що стабільність підривають громадські організації, буцімто стимулюючи суспільний протест і виводячи народ на вулиці.. «Влада вирішила, що це ми. Але це не ми. Це люди прокинулися! І прокинулися дуже сумним чином для влади. Я можу спрогнозувати ситуацію, коли всі НКО в країні закриють, а на вулицю і раніше буде виходити багато людей! І тоді картинка світу нашої влади зовсім розпадеться», – наголосила Панфілова.
Вона вказала, що в Росії з’явився низовий громадянський активізм. «Як ти його запхнеш назад? Ти не зможеш цього зробити, навіть якщо закриєш всі зареєстровані в країні громадські організації. Люди спробували громадянськість. Не в пафосному, а в хорошому сенсі цього слова. Це бажання і вміння робити власними силами якісь важливі речі на низовому рівні. Влада може вирішити цю проблему, закатавши країну в черговий ГУЛАГ. Не громадські організації, а всіх людей взагалі. Або навчитися з цим жити. Цю дилему нашої влади і доведеться вирішувати найближчим часом ", – додала голова Transparency International Росія.
Нагадаємо, у липні 2012 року президент Росії Владімір Путін підписав федеральний закон "Про внесення змін до окремих законодавчих актів РФ в частині регулювання діяльності некомерційних організацій, що виконують функції іноземного агента". Закон був прийнятий Державною думою 13 липня 2012 і схвалений Радою Федерації 18 липня.
Закон викликав різку критику з боку російських правозахисників, громадських активістів, а також світової громадськості.
В червні 2013 року комісія уряду РФ з законопроектної діяльності схвалила додаткові підстави для позапланових перевірок громадських організацій, щодо яких «є відомості» про порушення законодавства.