Згідно з звинувачення, Нєвзлін привласнив акції дочірніх підприємств ЮКОСа у складі групи, очолюваної Міхаїлом Ходорковскім. Слідство заявило, що Нєвзлін в 1998 році у складі організованої групи осіб привласнив 38% пакетів акцій "Томскнефть" ВНК, "Ачинський НПЗ", внесених державою до статутного капіталу "Східної нафтової компанії". Вартість викрадених паперів оцінюється приблизно в 3 млрд рублів.
Як повідомляв офіційний представник слідчого комітету Владімір Маркін, за цим епізодом були раніше засуджені основні акціонери ЮКОСа – екс-керівник Міхаїл Ходорковській, голова ради директорів групи МЕНАТЕП Платон Лєбєдєв, а також керуючий справами організації "ЮКОС ЕП" Раміль Бурганов.
Суд не став розглядати позови держави як потерпілої сторони щодо виплати 3 млрд рублів, пояснивши, що скарги можуть бути заявлені в рамках цивільного провадження.
Адвокат Нєвзліна – Дмітрій Харітонов, заявив, що захист оскаржить вирок.
Як відомо, найбільший акціонер ЮКОСа Лєонід Невзлін до червня 2002 року був членом ради директорів компанії. Після початку кримінальних переслідувань Ходорковского та Лєбєдєва, Невзлін виїхав до Ізраїлю, де отримав громадянство.
У січні 2004-го Нєвзлін був оголошений Росією в міжнародний розшук, йому пред'явили заочні звинувачення в розкраданні майна на суму більше 3 млрд рублів, а також в ухилянні від сплати податків у розмірі 26,7 млн рублів як фізичної особи в 1999-2000 роках.
У 2008 році суд у Москві заочно засудив Нєвзліна до довічного ув'язнення за організацію вбивств і замахів на вбивства, пізніше Верховний суд РФ підтвердив вердикт. Нєвзлін був визнаний винним в організації трьох вбивств (у тому числі мера Нафтоюганська Владіміра Пєтухова), а також кількох замахів – на колишнього начальника управління справами ЗАТ "Роспром" Сєргєя Колесова, екс-керівника управління громадських зв'язків мерії Москви Ольгу Костіну і одного з керівників австрійської нафтової компанії East Petroleum Євгєнія Рибіна.