1993 року Ізраїль та Організація визволення Палестини підписали мирні угоди, за якими на частинах Західного берега річки Йордан та Сектора Гази було утворено Палестинську національну адміністрацію. Підписання угод означало кінець Першої інтифади і давало сторонам 5 років, щоб остаточно вирішити конфлікт. Втім станом на 2000-й рік кінцевої домовленості так і не досягли – саміт у Кемп-Девіді в липні 2000 року, за участі лідерів США, Ізраїлю та Палестинської адміністрації, який мав остаточно закріпити статус Палестини, провалився.
Така ситуація посилила напруженість та спровокувала ряд підривів смертників та атак наприкінці вересня 2000-го року, які розпочали Другу інтифаду та з різною інтенсивністю тривали до 2005-го року.
Протистояння стало особливо кривавим після обрання Арієля Шарона прем’єр-міністром Ізраїлю, коли той у 2001 році вперше розпочав авіа бомбардування Сектору Гази.
У 2003 році в рамках групи з ЄС, ООН, США та Росії були кілька спроб розробити дорожню карту, яка мала б результатом визнання незалежності Палестини, але виконати її не вдалося. На початку 2004 року Арієль Шарон оголосив про плани вивести 17 ізраїльських поселень з Сектору Газа та ще чотири поселення з Західного Берега.
11 листопада 2004 року помер Ясір Арафат, а його на посаді голови Палестинської адміністрації замінив Махмуд Аббас, що стало поворотним моментом у ході конфлітку. Під час своєї інавгурації в 2005 році Аббас закликав до укладення перемир’я. В січні того ж року сотні поліцейських з Палестинської автономії було направлено на північ Сектору Газа, щоб запобігти бомбардуванням Ізраїлю бойовиками.
В лютому 2005 року після того як Ізраїль погодився випустити з в’язниць сотні палестинців і вивести війська з міст Західного берегу, на саміті в Єгипті Аббас і Шарон оголосили перемир’я.
За підрахунками ізраїльської правозахисної організації B'tselem за більш як чотири роки протистояння було вбито 3 тис 223 палестинця та 950 ізраїльтян.
Ще одним серйозним збройним протистоянням стала чергова Ліванська війна.
В липні 2006 року бійці Хезболли перейшли з Лівану в Ізраїль, вбили вісім ізраїльських солдатів, а двох інших взяли в заручники, чим спровокували початок війни. Перемир`я було укладено під егідою ООН 14 серпня 2006 року. За 32 дні війни було вбито більше тисячі ліванців і 150 ізраїльтян, значно зруйновано ліванську інфраструктуру та переселено майже 1 млн ліванців і 300-500 тис громадян Ізраїлю.
У 2003 та 2007 році Ізраїль здійснив бомбардування ядерних об’єктів Сирії, які за різними повідомленням будувалися за підтримки Північної Кореї.
27 листопада 2007 року Ехуд Ольмерт та Махмуд Аббас домовились почати переговори і прийти до остаточного рішення щодо палестинської держави до кінця 2008 року. Однак зробити це не вдалося, оскільки переговори було розірвано наприкінці грудня 2008 року, коли Ізраїль почав в Секторі Газа операцію, метою якої було припинити восьмирічні ракетні обстріли території Ізраїлю. Це стало початком тритижневої війни в Секторі Газа.
Війна закінчилась 18 січня, коли Ізраїль в односторонньому порядку оголосив перемир`я, а через день однотижневе перемир’я оголосив ХАМАС. 21 січня Ізраїль остаточно вивів свої війська.
Внаслідок конфлікту загинуло 1 тис 400 палестинців та 13 ізраїльтян.
У вересні 2009 року спеціальна комісія ООН видала неоднозначний звіт, в якому палестинських бойовиків та Армію оборони Ізраїлю звинуватили у військових злочинах та злочинах проти людства.
У 2009 році Ізраїль оголосив 10-місячний мораторій на забудову на Західному березі ріки Йордан, однак палестинців таке рішення не задовольнило, оскільки воно не стосувалося Східного Єрусалиму.
23 вересня 2011 року президент Палестини Махмуд Аббас офіційно подав заявку в Раду Безпеки ООН на голосування щодо визначення статусу території.
Після подання Палестиною заявки деякі спостерігачі ізраїльсько-палестинських відносин почали говорити про Третю інтифаду. Ситуація загострилася восени 2012 року, коли групи бойовиків в Секторі Газа почали обстрілювали ракетами територію Ізраїлю. Ізраїль відповів 14 листопада одним зі своїх найбільших нападів на Сектор Газа з часу вторгнення 2008 року. Під час нападів було вбито військового командира ХАМАСу Ахмед аль-Джабарі. Впродовж наступних кількох днів групи бойовиків і ХАМАС запустили кілька ракет, при цьому, деякі з них спрямовувались на Тель-Авів. За час конфлікту загинуло 130 палестинців.
21 листопада делегації Ізраїлю та ХАМАСу за посередництва Єгипту досягли угоди про припинення вогню. Про це заявив сьогодні глава МЗС Єгипту Мухаммед Камель Амр на спільній прес-конференції з держсекретарем США Гілларі Клінтон.
Своєю чергою, міністр закордонних справ Ізраїлю Агвідор Ліберман заявив, що єдиною умовою припинення авіанальотів по позиціях ХАМАС у Секторі Газа є повне припинення ракетних пусків бойовиками ХАМАС по Ізраїлю. Поки що перемир`я тримається.