2005 року за звинуваченням в організації кількох убивств його засудили до 20 років за ґратами, а в 2007 році ув’язнення замінили на довічне.
У жовтні 2012 року Європейський суд з прав людини (ЄСПЛ) постановив, що права Пічугіна на свободу та безпеку та право на справедливий судовий розгляд порушувалися.
Суд зобов’язав Росію виплатити йому €9,5 тис. компенсації.
У березні 2013 року ЄСПЛ вказав, що його рішення є остаточним і відхилив прохання Росії про перегляд.
Нагадаємо, колишніх співвласників компанії ЮКОС Міхаіла Ходорковского та Платона Лєбєдєва засудили загалом до 14 років позбавлення волі кожного за двома кримінальними справами – за обвинуваченнями у різноманітних фінансових зловживаннях, зокрема, уникненні податків чи розкраданні нафти власної ж компанії. Пізніше суди дещо скоротили їхні терміни.
Однак цієї весни слідчі активізувалися – вони активно працюють над "материнською" справою ЮКОСа, яка досі не закрита. Ще під час другого процесу адвокати побоювалися, що вона може стати підставою для порушення третьої справи проти Ходорковского.
І Ходорковскій, і Лєбєдєв неодноразово заявляли, що не визнають своєї провини і що справи проти них сфабриковані з політичних міркувань.
Міжнародні правозахисні організації назвали другу справу проти обох підприємців політичною, а Ходорковского і Лєбєдєва визнали в ній в’язнями сумління.