Зокрема, нещодавно виникла конфліктна ситуація навколо заповідника «Софія Київська» та УПЦ МП. Керівництво заповідника звернулося до прокуратури м.Києва з заявою про несанкціоноване захоронення на території заповідника (біля стін Кирилівської церкви) настоятеля парафії святих Кирила і Афанасія протоієрея Феодора Шеремета представниками Союзу православних братств під керівництвом Валентина Лукіяника.
Пізніше його відлучили від церкви. Його діяльність визнали антицерковною, деструктивною і такою, що вносить смуту в церковне і громадське життя.
До речі, музейні працівники перебувають у тривалому конфлікті з місцевою православною громадою, яка використовує храм за домовленістю із заповідником. Особливо він загострився тоді, коли настоятель громади вирішив зафарбувати фрески ХII століття масляною фарбою і винести з храму мармуровий іконостас та ікони Врубеля, оскільки вважали їх неканонічними. Тоді заповідник звернувся до світової громадськості, що зупинило намір настоятеля.
Не меншого розголосу набула ситуація довкола забудови території Десятинної церкви. УПЦ МП виступає категорично за будівництво храму лише їхньої парафії.
Навіть проведення конкурсу київською владою для обрання найкращого проекту особливо не змінило позицію церкви. 19 травня Київська міська державна адміністрація вибрала найкращу концепцію реставрації Десятинної церкви. На засіданні комісія вибрала 2 проекти і їхнім творчим групам було запропоновано об'єднатися для створення спільного варіанта.
Однак за повідомленням ЗМІ, 25 травня близько 23.00 біля фундаменту Десятинної церкви в Києві, де УПЦ Московського патріархату хоче збудувати храм, почалося вивантаження будівельних вагончиків.
Архімандрит УПЦ МП Гедеон (Харон) стверджував, що на будівництво храму на місці Десятинки планують потратити 100 млн грн.
Спільна моніторингова місія ЮНЕСКО та ІКОМОС, котра вивчила стан збереження пам`яток світового значення в Україні, виступила з негативними рекомендаціями щодо планів української влади збудувати храм на місці фундаменту Десятинної церкви.
Крім цього, за повідомленням голови інформаційно-видавничого управління УПЦ КП єпископа Євстратія (Зорі), Київрада має намір встановити монополію парафії Московського Патріархату на замовлення поховань на столичних цвинтарях.
Священик повідомив, що таке звернення зумовлене тим, що 5 липня цього року відбулося засідання президії Київради, на якому, серед інших питань, розглядалося питання про виділення Свято-Іллінській парафії УПЦ МП у фактично безкоштовну оренду по 3 кв. метри строком на три роки приміщень у місцях оформлення замовлень на ритуальні послуги з поховання, у тому числі на міських цвинтарях і в крематорії. УГКЦ та УПЦ КП вимагають, щоб рішення Київради було однаковим для всіх конфесій.
З неофіційних джерел поширюється інформація про конфлікти всередині церкви, що базуються на різних думках священиків щодо потреби церкви змінити статус і стати більш «незалежнішою» від РПЦ.
До прикладу, газета «Коммерсантъ-Украина» повідомила, що один з найбільших спонсорів Української православної церкви Московського патріархату підприємець Віктор Нусенкіс згортає фінансову підтримку церкви, зокрема, відмовляється від виділення коштів на створення телепрограми «Світ православ'я». Таке рішення він прийняв після того, як під час Помісного собору УПЦ МП у нього виник конфлікт з першоієрархом церкви митрополитом Володимиром (Сабоданом) щодо протилежних думок щодо автокефалії церкви.