Сергій Болоболін народився 28 лютого 1961 р. у місті Ртіщево Саратовської області (РФ). У 1985 р. закінчив Ростовський інститут інженерів залізничного транспорту.
Трудову діяльність розпочав на станції Ясинувата, де через два роки після закінчення інституту (1987) став головним інженером.
З 1991 р. по 2000 р. працював начальником ст. Ясинувата.
У 2001-2006 рр. – заступник начальника Донецької залізниці з перевезень. З 2006 р. по 2008 р. – начальник Одеської залізниці.
У 2008-2011 рр. – перший заступник начальника Донецької залізниці. А з квітня 2011 р. – перший заступник генерального директора Укрзалізниці.
Нагадаємо, 24 грудня 2012 року попередній керівник «Укрзалізниці» Володимир Козак був призначений міністром інфраструктури.