Проте за литовського князя Вітовта Київську митрополію відродили (1415). Щоправда, після Люблінської унії (1569) зросли польсько-католицькі та протестантські віяння. Еліті з її маєтностями та правами не вельми залежало на вірі, натомість світські й духовні низи в православ’ї відчували звичай. Попервах малоруські церковники були малоосвіченими. Та за прикладом деяких володарів (князь Костянтин Острозький, молдовські воєводи) міщани заснували братства для оборони віри. Крім організації служби (вино, свічки), братчики упоряджали процесії (хоругви) та відправи, стежили за церковною дисципліною, інколи втручаючись у справи кліру, підтримували шпиталі, притулки, школи. Після Берестейської унії (1596) Київську митрополію підпорядкували Риму. Це тривало б і далі, якби козацтво пустило в Київ зверхника уніатів Іпатія Потія та не звернулося до єрусалимського патріарха висвятити на митрополита Йова Борецького, а з ним іще п’ятьох єпископів (1620). Спроби з’єднати вірян своїм патріархатом зазнали невдачі. Козаки під страхом смерті заборонили духовним наставникам будь-які латинські симпатії. Водночаз сейм не визнав законності православних, а уніати не отримали рівних прав із католиками.
Читайте також: Повсякдення Гетьманщини
У козацькій державі православна церква була в пошані. Гетьманщина вкрилася ошатними храмами. Багаті монастирі розпоряджалися маєтностями. Ієрархи, серед яких було чимало вчених і письменників, рядили на соборах і судах, а їхні посади від низу до верху були виборними. Служителі церкви сприяли появі друкарства (1491), перекладу Святого Письма (Пересопницьке Євангеліє, 1556; Острозька Біблія, 1581), проповідництва (Іоаникій Ґалятовський, Антоній Радиволовський), формуванню догматики (Катехизис, 1595, 1627, 1640; Требник, 1606, 1646), розвоєві церковного співу. Клірики нерідко навчались у західних колегіях, ставали парафіяльними чи закордонними священниками, місіонерами, вчителями, іконописцями, полемістами, що спричинилося до культурного піднесення й обміну. Угода 1654 року не дуже сподобалася вищому духовенству. Адже Московська церква легко проковтнула білоруські єпархії: Могилівську, Смоленську, Полоцьку. Тихий саботаж митрополита Сильвестра Косова обернувся обуренням, щойно московські воєводи замахнулися на шмат землі біля Софії для зведення фортифікації. Опирався підпорядкуванню чернігівський єпископ Лазар Баранович. Уникав його й митрополит Варлаам Ясинський. А ігумена Йоасафа Кроковського за прихильність до Мазепи взагалі відправили в заслання. Андрусівський мир (1667) посилив на Лівобережжі тенденції підкорення православного Києва. Московський тиск зростав, а патріотизм духовенства слабшав. Декому церковне підпорядкування Риму вже могло й не здаватися таким жахливим. За правління гетьмана Івана Самойловича церква таки втратила незалежність. Спочатку митрополит Гедеон присягнув у Москві (1685). А потім посол царя Алєксєя наполіг, щоб в обмін на ненапад турецький візир, який контролював Константинополь, наказав патріарху Діонісію відступитися від Київської митрополії.
Оскільки в Москві високі посади людям «из Литвы с Руси Польской и из иных украйн» почали давати ще з XVI століття, вони жваво тяглися в північний край і несли свою культуру. Вона позначалася на освіті, мистецтві, праві, ба навіть на стилі одягу. Прихильно ставився до таких змін московський патріарх Никон. Хоча про це йому не раз згадали недруги. Швидкими темпами поширювалися книжки малоруських авторів. Їх перевидавали й навіть по-своєму тлумачили. Приміром, «Псалтир римовану» Симеона Полоцького, «Меч духовний» Лазаря Барановича, «Навчальне Євангеліє» Кирила Транквіліона-Ставровецького, «Руно орошене» Дмитра Туптала та інші. Тільки-но було запроваджено систему правопису на основі граматики Мелетія Смотрицького (1619), як не забарилися й новації: українська вимова, а надто в проповіді (казнодійство), посторінкова нумерація книжок, повсюдно використовували знак переносу, а заголовки почали робити на початку видань, а не в кінці, як раніше. Варто нагадати й про правило розрізнення в написанні слів «мір» і «мир». За малоросійським зразком закладено Слов’яно-греко-латинську академію. Загалом це дало поштовх для літературної, перекладацької, театральної традиції.
Читайте також: Київська школа в Московії
Отже, на початку XVIII століття в московських єпархіях домінували малоруські люди. Пьотр І мав зиски від високоосвіченої професури Гетьманщини. Призначаючи Стефана Яворського митрополитом рязанським, а потім і намісником патріарха, він прагнув прибрати до рук усю церковну владу. Майбутній імператор також довірив Теофанові Прокоповичу розробити статут «Духовний регламент» (1721), щоб керувати церквою через державну установу — Духовну колегію «Священний Синод». Одначе реформу благословили лише Константинопольський і Антіохійський патріархи. Від часу Єкатєріни ІІ заходи з підпорядкування й уніфікації набирали обертів. Уже не було права виборності вищого духовенства. Починаючи з Арсенія Могилянського з титулу київського митрополита зникає частка «Малої Русі». Церковні землі секуляризуються, частину монастирів ліквідовано, звичаєві обряди скасовано, а митрополита названо єпископом київським. Українська церква певний період перестала відігравати провідну роль у політичному житті. Проте в історії закарбувався її неабиякий цивілізаційний потенціал.