У церкві є музей і скарбниця з колекцією творів мистецтва та цінних сакральних предметів. Собор Святого Марка внесено до Списку Всесвітньої спадщини ЮНЕСКО. Він відчинений для відвідин із понеділка до суботи з 9:45 до 17:00, а в неділю та святкові дні з 14:00 до 17:00. Богослужіння проводяться щодня о 7:00, 8:00, 9:00, 10:00, 12:00 і 18:45, а в неділю та святкові дні о 7:00, 8:00, 9:00, 10:30, 12:00, 17:30 і 18:45.
Софійський собор у Києві, споруджений в XI столітті й натхненний константинопольською Айя-Софією, є історичною та архітектурною пам’яткою світового рівня.
Назва собору походить від грецького Σοφíα (Софія), що в перекладі означає «мудрість». Храм, зведений у часи правління Ярослава Мудрого, був релігійним, політичним і культурним центром Київської Русі. Після смерті князя 1054 року його поховали в Софійському соборі. Мармуровий саркофаг зберігається там і досі.
Занепад царської Росії спочатку активізував нові дослідження, роботу з документами та архівами. Але 1934 року релігійну діяльність було перервано, і рішенням Ради народних комісарів УРСР собор став підпорядковуватися Народному комісаріату освіти як відділ у складі Музейного містечка (Києво-Печерська лавра). Багато предметів конфіскувала держава, частину з них знищено, втрачено або передано за кордон.
У травні 1935 року заповідник відкрили для відвідування.
Сьогодні собор Святої Софії і прилеглий до нього комплекс будівель утворюють національний заповідник Софія Київська, об’єкт культурної спадщини ЮНЕСКО. Музей відчинено для відвідувань щодня, крім четверга, з 10:00 до 18:00.
Києво-Печерська лавра, яка теж є частиною заповідника, використовується як музей, а також відповідно до свого основного призначення: для релігійних практик. Водночас є домом для митрополита УПЦ МП (інформація з офіційних інтернет-сторінок соборів Святого Марка, Святої Софії, ЮНЕСКО, «Української енциклопедії»).
Два міста, два важливі й свого роду споріднені історичні об’єкти сакральної архітектури, внесені до Списку Всесвітньої спадщини ЮНЕСКО. Свята Софія в Києві й собор Святого Марка у Венеції. Навіть гіпотетично неможливо собі уявити, щоб венеційські музейники, історики та митці виступали проти використання собору Святого Марка як святині й пропонували натомість трактувати храм виключно як музей.
Рішення надати доступ до «Трапезної» (Теплої або Малої Софії) для проведення богослужінь (УПЦ КП) наразилося на шквал обурення й критики в засобах масової інформації з боку осіб, що називають себе музейниками, мистецтвознавцями чи представниками споріднених професій, котрі конкретно не вказують. Навіть президент місцевого українського представництва Міжнародної ради з охорони пам’яток і визначних місць заявив: «…Завтра постане питання про передачу їм Софійського собору. Все це призведе не тільки до міжконфесійного протистояння, а й до перспективи втрати безцінних пам’яток національної спадщини, визнаних на світовому рівні».
Аргумент «перспективи втрати безцінних пам’яток національної спадщини» є щонайменше курйозним. За рішенням Ради народних комісарів УРСР від 1934 року, одного разу Софійський собор уже було втрачено не лише як пам’ятку «національної спадщини», а й як найважливішу для українського православ’я святиню. Софійський собор — це не просто пересічний музей, а ще й незагоєна донині рана. Допоки є віряни, доки існує церква, святиня має використовуватися за своїм основним призначенням: як місце для здійснення релігійного обряду. Решта функцій пам’ятки «національної спадщини» чи навіть світової є додатковими. Немає жодних сумнівів щодо належності собору Святого Марка у Венеції, собору Паризької Богоматері, Кельнського собору, базиліки Сан-Франческо в Ассізі, Кентерберійського собору до світової спадщини ЮНЕСКО, однак усі ці пам’ятки живуть, працюють як храми для кожного, хто прагне відвідати їхні стіни: вірян чи простих туристів.
Хотілося б, щоб сила впливу Софійського собору через тисячу років після того, як його нарекли іменем Σοφíα, дозволила противникам відновлення богослужінь заново відчути силу поняття «мудрість», і не так «божественної мудрості», як звичайної людської.