Сенат США у перший день президентства Дональда Трампа затвердив кандидатуру Джона Келлі на пост міністра внутрішньої безпеки. Зі 100 сенаторів 88 виступили "за", 11 "проти". Один представник верхньої палати не голосував.
Джон Келлі в 2012 році очолив Південне командування США з основним завданням перешкоджати транспортуванню наркотиків у Південній і Центральній Америці, а також надання допомоги в навчанні військовослужбовців латиноамериканських і карибських країн.
14 січня 2016 року пішов у відставку, завершивши 45-річну військову службу.
7 грудня 2016 року Дональд Трамп повідомив про намір офіційно запропонувати Джону Келлі посаду міністра внутрішньої безпеки США.