Суд установив, що Пукач у ніч із 16 на 17 вересня 2000 року вбив Гонгадзе за його професійну діяльність за вказівкою тодішнього міністра внутрішніх справ Юрія Кравченка, який 4 березня 2005 року був знайдений мертвим у своєму будинку під Києвом із двома вогнепальними пораненнями голови.
Також, за версією слідства, Пукач викрав і побив ще одного журналіста Олексія Подольського з метою натиснути на нього у зв'язку із професійною діяльністю.
Крім цього, суд визнав Пукача винним у знищенні журналів обліку робочого часу співробітників органів внутрішніх справ, щоб сховати від слідства залучення їх до вбивства журналіста.
Суд вирішив, що вину Пукача в перевищенні влади і вбивстві Гонгадзе доведено. «Вину Пукача у перевищенні влади і вбивстві Гонгадзе доведено зібраними доказами», – зазначається у документі.
Печерський суд також визнав, що записи екс-майора Держохорони Миколи Мельниченка не можуть бути прийняті судом до уваги в справі вбивства журналіста Георгія Гонгадзе, оскільки аудіозаписи були отримані незаконним шляхом.
Згідно з рішенням суду, Пукач зобов'язаний виплатити дружині вбитого журналіста Георгія Гонгадзе Мирославі 500 тис. грн, а журналісту Олексію Подольському – 100 тис грн.
Пукач також позбавлений звання генерал-лейтенанта.
Сам Пукач стверджує, що смерть Георгія Гонгадзе була нещасним випадком. Зокрема, на суді він заявив, що вбивати журналіста не збирався. Тобто він визнав, що за журналістом велися оперативно-розшукові заходи, що душив ременем, однак не збирався вбивати, а просто ремінь зісковзнув.
Також Пукач визнав, що відтяв голову від тіла, і перепоховав тіло Гонгадзе.
Як відомо, Гонгадзе зник у Києві 16 вересня 2000 року. У листопаді того ж року в лісі в Київській області був виявлений обезголовлений труп, який, за висновками експертів, міг належати журналістові.
У 2009 році в Київській області знайдено череп, які за заявою Генпрокуратури, належать Гонгадзе. Однак тіло досі не поховано, оскільки мати журналіста Леся Гонгадзе відмовляється визнавати, що знайдені останки належать її синові.
15 березня 2008 Апеляційний суд Києва визнав винними у вбивстві Гонгадзе трьох колишніх співробітників Департаменту зовнішнього спостереження МВС – Валерія Костенка, Миколу Протасова і Олександра Поповича, і призначив їм покарання у вигляді позбавлення волі строком від 12 до 13 років.
Екс-генерал МВС Пукач, який тривалий час перебував у розшуку у зв'язку з причетністю до вбивства журналіста, в липні 2009 року був затриманий в Житомирській області.
Генпрокуратура 31 березня 2011 року затвердила обвинувальний висновок і передала до Печерського районного суду Києва для розгляду по суті кримінальну справу Пукача.
За даними ГПУ, досудовим слідством встановлено, що обвинувачений, будучи службовою особою, на виконання наказів і вказівок міністра внутрішніх справ України Юрія Кравченка та інших посадовців, кримінальна справа стосовно яких розслідується в окремому провадженні, в травні-вересні 2000 року перевищив владу та свої службові повноваження по відношенню до громадського діяча Олексія Подольського і журналіста Георгія Гонгадзе, й 17 вересня 2000 року навмисно скоїв вбивство останнього.
Крім того, в липні 2003 року Пукач, зловживаючи своїм службовим становищем, дав протиправну вказівку підлеглим працівникам міліції знищити офіційні документи, зокрема щодо незаконного зовнішнього спостереження за Гонгадзе, чим перешкоджав органам досудового слідства в розкритті зазначеного вбивства.