А щойно в Україні посилилася політична й культурна роль міст, як ремісники, торговці, шляхта, духовенство й козацтво згуртувалися в братства. Це спричинило появу друкарень і шкіл та врешті посприяло розвитку навчального й літературного процесу. Нові інституційні форми освіти спиралися не лише на давньоруські традиції, а взорували й на католицькі, єзуїтські чи протестантські заклади.
Після відновлення в 1620 році силами козацтва православної єпархії та митрополії зросла роль київських монастирів: Печерського, Софійського, Михайлівського, Пустинно-Микільського — як центрів знання та книжності. А започатковане в 1615 році Київське братство почало дбати про духовні потреби братії. Як показує Зоя Хижняк, унаслідок того, що містянка Галшка Гулевичівна подарувала братчикам землю на Подолі, а гетьман Сагайдачний заповів їм значні кошти, було засновано школу. Невдовзі виникла схожа школа в лаврі на чолі з архімандритом Петром Могилою. У 1632 році обидві установи створили спільну Києво-Братську колегію, яка стала прообразом Києво-Могилянської академії. Вона не мала офіційного статусу закладу вищого рівня, проте була ним de facto. Тут не було поділу на факультети, не присвоювали наукові ступені, а курси постійно змінювалися. Більшість професорів і студентів були українцями, які розмовляли живою розмовною мовою. Та з другої половини XVІІІ століття імперська влада запровадила викладання лише російською з поступовим обмеженням української.
Читайте також: Народження дитинства
Керував академією ректор, якого обирали з-поміж викладачів. Його головні обов’язки полягали в затвердженні планів і звітів, а також інспектуванні викладачів. Допомагали йому префект і суперінтендант. Перший займався видатками та вирішенням конфліктних ситуацій, другий — студентською оселею. Матеріальний фонд академії становили пожертви благодійників: старшини, шляхти, кліру. Усе залежало від прибутку Братського монастиря та «жалування» від Малоросійської колегії. Кошти витрачали здебільшого на утримання викладацького складу: вони покривали платню, утримання помешкань, їх опалення й освітлення, забезпечення провізією тощо. Розподіляли їх диференційовано. Щодо харчування, то крім основних страв (борщ, каша), постачали рибу, хліб (ситний і булки), олію, масло, пиво, горілку, лікери, мед, сир, яйця, крупи, різне м’ясо. Взуття, одяг і книжки отримували з добровільних пожертв. Навчання починалося 1 вересня і тривало до початку липня. Та новоприбулих зараховували впродовж усього року після співбесіди. Студіювати могли діти різних станів і статків. Багатші жили у власних будинках або винаймали житло, мали прислугу та репетиторів. Бідніші мешкали в бурсі та приходських монастирях. На свята їм доводилося просити милостиню, співати, колядувати, ба навіть здійснювати нальоти на базари. На них скаржилися й іноді карали.
В академії було вісім класів. Перші чотири — граматичні. Фару (аналогію) вважали підготовчим, але не з нуля. Наступні (інфима, граматика, синтаксима) давали знання зі слов’янської, латини, української книжної (руської), грецької та польської мов, арифметики, геометрії, нотного співу, катехизису. У річних класах поетики й риторики навчали складати вірші та різні промови. Часом після курсу риторики половина студентів полишала навчання. Дворічний курс із філософії складали і викладали професори, що мали закордонну підготовку (Іов Борецький, Йосиф Кононович-Горбацький, Інокентій Ґізель, Стефан Яворський, Феофан Прокопович). Чотирирічний курс богослов’я був орієнтований на думку західних (Авґустин, Пелаґій, Дунс Скот, Тома Аквінський) і східних (Григорій Назіанзин, Іоан Златоуст, Василій Великий, Іоан Дамаскин) теологів. У трьох останніх класах вивчали іноземні мови, переважно французьку й німецьку. Наприкінці року виставляли оцінки в графу «какого учения»: доброго, мерного, слабого, худого, безнадежного. Були й такі записи: «дитя заїкувате, досить підло вчилося» або «чесний, не лінивий, не нетямущий». Але слабким студентам не забороняли вчитися скільки завгодно, їх не відраховували.
Читайте також: Нещаслива свідомість
Щосуботи спудеї повторювали матеріал. Тричі на рік складали іспити, крім філософів і богословів, які захищали дисертації. Шанси талановитого студента потрапити за кордон були невисокими. Часом очільники відправляли їх за власний кошт. Викладачі стежили, щоб слухачі відвідували хор і бібліотеку, а в кінці навчального року організовували диспути. Урочистості супроводжувалися биттям у дзвони, хоровими співами та промовами на честь знатних гостей. У теплі дні організовували рекреації: виходили за місто з оркестром, театром, іграми тощо. Випускники академії виконували важливі державні справи, йшли на церковну службу, засновували заклади освіти, працювали в магістратах і канцеляріях військових управлінь, ставали правниками та видатними діячами культури. Проте в умовах розростання впливу Російської імперії така інституція не могла довго залишатися відносно незалежним освітнім осереддям світського напряму. У 1817 році Києво-Могилянську академію закрили.