Найбільш яскраво Ружинські заявили про себе у XVI столітті – у часи формування козацтва.
Дедалі частіше українські історики-козакознавці, досліджуючи ранній етап становлення козацтва, згадують у своїх працях козацьких ватажків, які, власне, й походять зі шляхетських чи то князівських династій. Загальновідомо, що одним із перших козацьких полководців був Бернард Претвич, Семен Полозович та Остафій Дашкович. Вони, будучи королівськими/великокнязівськими прикордонними намісниками й старостами водночас, одними з перших організовували й очолювали козацькі загони, які до 1569 року були ударною силою пограничного війська Великого князівства Литовського, куди входила більшість українських земель, а згодом утвореної Речі Посполитої. Їхню справу продовжили князі Ружинські.
Назва цього роду походить від маєтку Ружина, що на Київщині. У середині XVI століття вже розгалужений рід осів на теренах Київщини й Волині, заволодівши розлогими Ружинською, Паволоцькою та Котельницькою волостями. Князі Остафій, Микола, Михайло та Кирик уславили свій рід бойовою звитягою, очолюючи козацькі загони та королівські роти.
Козацький реформатор
Богдан Ружинський був гетьманом запорозьких козаків у 1575–1576 роках. Польський хроніст Папроцький писав про нього, що той як «гетьман низових козаків» наприкінці 1575-го, коли татари напали на Україну, пішов зі своїми козаками на татарські улуси, вщент їх спустошивши.
Успіху кампанії князя Богдана сприяли кілька обставин. Московський цар Іван IV Грозний звернувся до задніпрянських козаків із пропозицією атакувати неприступну фортецю Козлов, що була на шляху до Криму, обіцяючи надіслати провіант, селітру й озброєння. Богдан, пішовши проти татар, направився до прибережних фортець вздовж Дніпра. Напад Ружинського виправдав очікування московського царя, позаяк татарський загін, який уже вирушив на Москву, змушений був звернути зі свого наміченого шляху. Під час штурму козаками Іслам-городка, що лежав над Дніпром біля Таманської переправи, козацький отаман загинув від передчасного вибуху міни, яку вони закладали під стіну фортеці.
Правляче коло Кримського ханату не оминуло увагою атаку Ружинського на Іслам-городок, а сам хан Девлєт-Гірей направив до польського короля Стефана Баторія лист, в якому скаржився на останній напад козаків під проводом Богданка. Після смерті Ружинського козацьким отаманом став відомий молдавськими кампаніями за господарський трон Іван Підкова.
Богдан став героєм багатьох козацьких пісень і дум, в яких прославлялися його життя і смерть, як, наприклад, у «Пісні про гетьмана Богдана в жалобі». Пізніша козацька традиція не лише приписала йому чимало героїчних подвигів, пов’язаних із боротьбою проти татар, а й убачала в ньому головного архітектора реформи реєстрового козацтва Стефана Баторія і творця нового козацького адміністративного поділу.
Військові тріумфатори
Остафій був сином одного з найперших відомих у джерелах серед Ружинських – Івана. Відомо, що 1569 року Остафій Ружинський перебував на службі у черкаського старости Михайла Вишневецького, а вже на початку 1582-го пішов на Запоріжжя і там, разом з братом Михайлом, став провідником (гетьманом) запорозьких козаків.
Він одним із перших звернув увагу на навчання запорожців військової справи, щоб протистояти регулярним татарським набігам. У 1575 році, коли Кримська Орда увірвалась у південні степи України, Остафій Ружинський разом із козаками зустрів її поблизу Білгорода (сучасний Аккерман). Гетьман розташував своє військо так, що його тил прикривала річка і татари не могли обійти його ззаду, мусивши атакувати козацький стрій у лоб. Ординський наступ захлинувся у шаленому вогні з гармат і фальконетів українців. Нові спроби атакувати козаків не мали успіху. Коли татари на ніч стали табором, козаки Ружинського оточили їх, відбили табуни коней і повністю розгромили.
Та останні не пробачили цієї ганебної поразки. Заручившись допомогою турків, вони знову вдерлися на українські землі. Тепер Остафій несподівано вдарив по них біля річки Кодими і вщент розгромив їх, а рештки орди гнав аж до Білгорода, взявши штурмом фортецю й захопивши у ворога чимало зброї. Тоді було визволено чимало українських бранців із татарського полону.
Молодший син засновника роду Івана Ружинського Михайло гетьманував на Січі протягом 1585–1589 років. Як представник впливового князівського роду він з молодих літ активно брав участь у публічному житті волинської шляхти, сеймикових зібраннях, засвідчував своєю печаткою важливі договори й угоди місцевого нобілітету. Утім, душе швидко військова справа стала його головним заняттям і насамперед була пов’язана з козацтвом.
Князь-авантюрник
Брат Богдана і Миколи Ружинських Кирик розвинув родинну традицію гуртування навколо себе козаків і командування їхніми ватагами. Вперше джерельні свідчення про військову кар’єру Кирика датовані часом московських воєн Стефана Баторія, коли він вже був ротмістром кінних рот, 1580 року Ружинський перебував на чолі козацької роти у кінній корогві польського гетьмана Яна Замойського й брав участь в облозі Веліжа і Великих Лук. За військові заслуги отримав від Стефана Баторія урочище Котельню в Київському воєводстві.
У мирні часи мав багато судових процесів із польськими землевласниками, сутички з якими спалахували переважно під час розмежування земель. 1587 рік став поворотним у житті запального Ружинського. Він разом з братом Миколою вбив у Луцьку шляхтича Олександра Комара й відразу ж утік на Запорожжя, рятуючись від судового покарання. Тут за короткий час став козацьким отаманом.
На початку 1590-го він повернувся на Київщину. Тривала воєнна служба Ружинського, а також розрив із запорожцями стали вагомим аргументом для того, що під час козацького повстання Криштофа Косинського восени 1593-го зібрана на судових рочках у Києві шляхта обрала його послом до козаків разом із Йосипом Верещинським. Лише завдяки Ружинському сутичку між запорожцями та польським шляхтичем, черкаським старостою Олександром Вишневецьким вдалося врегулювати.
Князь був постійним інформатором гетьмана Станіслава Жолкевського про рух татарських ватаг (чамбулів) під час їхніх щорічних нападів на південно-східні кордони Речі Посполитої. 1595 року він взяв участь у молдавському поході Зомойського, що мав за мету возвести на господарський трон Ярему Могилу. Того самого року разом з Адамом Вишневецьким вступив у Львові до православного ставропігійного братства, вносячи протестацію проти утисків грецької релігії. Після Брестської унії Кирик став ревним оборонцем православної церкви.
Ображений на козаків після невдалого гетьманування на Січі, 1596 року він взяв участь у придушенні повстання на чолі з Северином Наливайком. Згідно з тогочасними реляціями, він відіграв вагому роль у швидкому завершенні каральної кампанії проти запорожців. Криваві методи, які він застосовував, не викликали захоплення навіть у польського польного гетьмана Станіслава Жолкевського. Ружинський, котрому козаки стали на заваді закласти латифундію на Пороссю (у Паволоцькій волості), зривав всю злість на своїх недавніх підлеглих, жорстко поводячись з ними під час придушення повстання.
Кирикові приписується знищення в Каневі православного населення, яке заховалося в церкві, коли загони повстанців були витіснені з міста. Після завершення боїв з козаками князь розпочав мститися тим, хто сприяв чи симпатизував повстанцям. Помер Кирик Ружинський на початку липня 1599 року, залишивши всі свої володіння своєму синові Роману, майбутньому гетьманові військ самозванця Лжедмитрія ІІ під час походу польських військ на Москву у 1609–1610 роках.