Християнство на Буковину, як і до всієї України-Руси, приходило різними шляхами, але в основному з Візантії та Болгарії. За часів найбільшого розквіту Київської Русі, Буковинська церква була підпорядкована главі Київської митрополії (як складова частина Вселенського Константинопольського патріархату).
З початком міжусобиць, а особливо після зруйнування 1240 року Києва монголо-татарами – ці церковні та державні зв’язки порушуються. Проте, з постанням Руського королівства та розширенням його кордонів на схід та південь, територія Буковини також входить до його складу. Коли 1303 року на теренах Королівства Русі була утворена Галицька Митрополія (у складі Константинопольського патріархату), до неї увійшли й парафії краю.
Із занепадом Руського королівства, та зайняттям Галичини польськими військами, Буковина підпадає під владу Молдавських господарів. Тут слід відмітити, що у Молдавії, так само як і у Великому князівстві Литовському, Руському та Жемантійському офіційною мовою та мовою богослужінь була церковно-сло’вянська мова. Так й сама Молдавія в багатьох документах того часу іменувалась Русо-Валахія (Ruso-Vlahia).
Крім того, й становлення православної Молдавської митрополії, до складу якої деякий час відносились й землі Буковини, відбулось за сприяння української митрополії. Після 1371 року, на прохання молдавського воєводи Петру Мушата, Галицький митрополит Антоній рукоположив для Молдавії двох єпископів – Йосипа та Мелетія. Вони були фактичними керівниками молдавської церкви аж до кінця ХІV cт.
1401 року Константинопольський патріарх Матфей І призначив главою Русо-влахської (Молдавської) митрополії Йосифа Мушата, з кафедрою в Сучаві. Тоді ж Молдавський володар Олександр Добрий розділив територію митрополії на 3 округи з центрами в Сучаві, Радауцах і Романі. З того часу більша частина Буковини ввійшла до складу Радауцької єпархії. Так тривало аж до 1775 року, коли ці терени увійшли до Австрійської імперії, й знаходились у складі Королівства Галичини та Володимерії (історичного спадкоємця Королівства Русі). А 1849 року ці землі перетворено на окремий коронний край Австро-Угорської імперії – Герцогство Буковина.
Одночасно, зважаючи на відмінний етнічний склад більшої території Ясської митрополії (у XVII столітті столицю Молдавії було перенесено з Сучави в Яси) та Буковини, 1781 року Австрійський імператор Йосиф II видав указ, відповідно до якого всі парафії Буковини було об'єднано в одну єпархію, та виведено з підпорядкування Ясського митрополита. Буковинським єпископом було призначено Досифея Херескулу, а єпископську катедру перенесено до Чернівців. Таким чином, Ясський митрополит відмовився від своєї юрисдикції над Радауцькою єпархією та парафіями Буковини, а єпископ Досифей відмовився від церковної влади над парафіями Радауцької єпархії, які залишилися за межами Буковини.
При цьому, з 1783 року єпископ Досифей перебував під юрисдикцією Карловацького митрополита (з 1848 року — Сербського Патріарха), що був главою всіх православних Австрійської імперії. Але в середині XIX століття, після «Весни народів» та поширення національно-визвольних рухів на теренах імперії, як з румунського, так і з українського боку почались виступи за створення окремих церковних організацій.
1864 року відбувся Синод, на якому було вирішено об’єднати всі румунські єпархії Австро-Угорщини в єдину Семигородську (Румунську) митрополію. Румуни доволі активно виступали за те, щоб й Буковинська єпархія увійшла до її складу, але завляки протидії українського православного духовенства та культурних діячів, особливо єпископа Євгена Гакмана, цього не сталось.
Більше того, Буковинська митрополія фактично стала автокефальною церквою. Адже, після утворення Румунської православної церкви та підпорядкування інших православних Сербському патріархові, неприєднаними залишились Буковинська й Далматинська єпархії. 1870 року Далматинська єпархія була розділена на дві частини й підпорядкована Чернівецькому єпископу, який одержав титул архієпископа. А з 1873 року Євгеній Гакман став йменуватися архієпископом Чернівецьким, митрополитом Буковини та Далмації, який був незалежним як від румунської, так і від сербської церков. Цей час був розквітом Буковинської митрополії. Саме тоді була побудована відома резиденція митрополитів, яка 28 червня 2011 року на 35-й сесії комітету Світової спадщини ЮНЕСКО внесена до списку Світової спадщини.
Після закінчення І Світової війни, розпаду Австро-Угорщини та входження Буковини до складу Румунії, Буковинська митрополія переходить до складу Румунської православної церкви. А вже 1940 року Буковину займає Червона армія, а Чернівецька єпархія автоматично (без всяких канонічних приписів) стає частиною Російської православної церкви. З наступом румунських військ, у 1941-1944 роках, це знову стає «канонічна територія» румунської церкви. Проте у червні 1944 року, разом з радянськими військами, приходить на Буковину й юрисдикція Московського патріархату.
Цікаво, що на відміну від інших територій, де РПЦ хоча б намагалось надати видимість якоїсь «канонічності» своїм діям, юридичні питання щодо церковного підпорядкування Буковинської митрополії було вирішено просто – в результаті переговорів між владою СРСР та Румунії.