За його кандидатуру проголосували 308 з 475 депутатів нижньої палати парламенту.
54-річний політик став шостим прем'єр-міністром Японії за останні п'ять років.
Нода, який раніше обіймав пост міністра фінансів, напередодні був обраний новим лідером правлячої Демократичної партії Японії.
Його попередник Наото Кан, який займав цю посаду протягом 15 місяців, в п'ятницю, подав у відставку.
Кана сильно критикували за нездатність проявити якості керівника під час кризи, викликаної руйнівним землетрусом, цунамі і катастрофою на АЕС "Фукусіма".