26 грудня Луценка затримали під час прогулянки з собакою. Його звинуватили за ч. 3 ст. 364 УК «Зловживання службовим становищем працівником правоохоронних органів» (покарання до 10 років з конфіскацією – ред.). Йшлося про те, що будучи міністром він підписав документ про продовження оперативно-розшукових заходів у рамках розслідування отруєння Віктора Ющенка, повідомив тоді адвокат Ігор Фомин.
До цього Луценку були висунуті звинувачення у порушеннях під час прийому на роботу і присвоєнні спеціальних звань колишньому особистому водієві екс-міністра, що призвело до розтрати 40 тисяч гривень державних коштів.
5 січня Апеляційний суд Києва залишив у силі рішення Печерського райсуду про зміну запобіжного заходу Луценка з підписки про невиїзд на утримання під вартою на термін до 27 лютого.
20 січня дві кримінальні справи проти Юрія Луценка щодо розтрати бюджетних коштів екс-міністром і щодо зловживання ним владою в рамках розслідування справи про отруєння Віктора Ющенка об'єднали в одну.
У січні Генпрокуратура порушила третю кримінальну справу проти екс-міністра оборони Юрія Луценка щодо розтрат на святкування Дня міліції.
В лютому суд продовжив екс-міністру внутрішніх справ України Луценку термін утримання під вартою ще на два місяці – до 26 квітня.
25 лютого Апеляційний суд Києва не задовольнив скаргу екс-міністра внутрішніх справ Юрія Луценка щодо утримання його під вартою. Суд також відхилив клопотання адвоката екс-міністра внутрішніх справ Ігоря Фоміна про відвід складу суду, оскільки немає підстав для задоволення цього клопотання.
1 березня Генпрокуратура відмовилась звільнити з-під варти Луценка на поруки депутатів Верховної Ради.
У квітні дружина екс-міністра Ірина Луценко уперше заявила, про погіршення стану здоров’я чоловіка:. «…зараз стан його здоров’я погіршився і це видно з першого погляду». За її словами, результати аналізу крові чоловіка підтвердили динамічний запальний процес. Для повного з'ясування причини погіршення здоров'я Юрія Луценка, за словами його дружини, необхідно проведення додаткових медичних обстежень і отримання кваліфікованої консультації лікаря, що неможливо здійснити силами і засобами медичної частини СІЗО. При цьому слідчий Сергій Войченко відмовив Луценку в консультації лікаря. У вересні лікарі в Луценка діагностували цироз печінки.
У квітні Луценку, який ознайомився зі всіма 47 томами справи і очікував звільнення з-під варти, продовжили арешт до 26 травня. Приводом для продовження утримання під вартою стало те, що захисники ще не повністю ознайомилися зі справою. Захисники, у свою чергу відмовилися знайомитися зі справою.
З 1 травня працівники Лук'янівського слідчого ізолятора розпочали застосовувати до Луценка процедуру примусового годування. На той час Луценко втратив 14 кг ваги.
23 травня розпочалося слухання по суті справи Луценка у Печерському районному суді. Екс-міністра до суду доставили з лікарні швидкої допомоги.
Того ж дня Юрій Луценко заявив, що припиняє голодування. "Я вважаю недоцільним продовжувати голодування. Я починав це, щоб довести, що у нас в Україні немає прокуратури. Сьогоднішнім засіданням суду я довів, що у нас немає справедливого суду, але далі мені потрібне моє здоров'я, щоб це зламати", – заявив Луценко.
До захисту Луценка суд кілька разів не допустив народного депутата Геннадія Москаля. Хоча раніше дозволив стати захисниками Олексію Баганцю, Ігорю Балику і Сергію Дзігоро. Окрім цього Луценка захищають Ігор Фомін та Ірина Луценко.
Фото- та відоефіксацію процесу над екс-міністром суд заборонив 14 липня.
Більшість опитаних в залі суду свідків обвинувачення, яких було заявлено 145 осіб, стали на бік Юрія Луценка і заявили про законність його дій.
20 жовтня адвокат екс-міністра Ігор Фомін припустив, що суд завершить розгляд справи до Нового року.
6 травня депутат від «Народної самооборони» Юрій Гримчак заявив, що Європейський суд з прав людини почав розглядати позов екс-міністра внутрішніх справ Юрія Луценка.
Водночас, міжнародна спільнота засудила процес над екс-міністром – зокрема, у Данії і Німеччині. Депутат Європарламенту Марек Сівець готовий був поручитися за Луценка.